A Mouthwash with Cetylpyridinium Chlorideis reducing salivary SARS-CoV-2 viral load in +COVID-19 / Un enjuague con Cloruro de Cetilpiridinio redujo la carga salival del virus SARSCoV-2 en pacientes con Covid-19

Aim: The aim of this randomised, double-blind, placebo-controlled pilot clinical trial is to evaluate the capacity of a mouthwash to reduce SARS-CoV-2 viral load in the saliva of patients with COVID-19. Methods: Twenty-three symptomatic SARS-CoV-2-positive outpatients were selected andrandomised into two groups and registered at NTC 04563689. Both groups rinsed and gargled for one minute with either distilled water (Placebo) or with 0.05% Cetylpyridinium chloride (CPC) plus 0.12% Chlorhexidine (CHX) mouthwash (PERIOAID Intensive Care). Saliva samples were collected before the use of placebo or mouthwash and after 15 minutes and 1 and 2 hours of either of the above treatment. A saliva sample was also taken five days after regular use of placebo or mouthwash twice daily. The virus was detected by qRT-PCR. Results: A great heterogeneity in the viral load values was observed at baseline in both groups for nasopharyngeal and saliva samples. Most of the patients who used the mouthwash (8/12) had a significant decrease in baseline viral load after 15 min (greater than 99% reduction). This inhibitory effect was maintained for up to two hours in 10 of the 12 patients. At five days, SARS-CoV-2 RNA was detectedin only 1 patient from the mouthwash group and in 5 from the placebo group. Conclusions: This study points out that a CPC mouthwash can reduce the viral load in saliva of COVID-positive patients. This finding may be important in transmission control of SARS-CoV-2. Nevertheless, the clinical relevance of CPC mouthwash-reduction on SARS-CoV-2 shedding in saliva requires further study.

Objetivo: El objetivo de este ensayo clínico piloto aleatorizado, doble ciego y controlado con placebo es evaluar la capacidad de un enjuague bucal para reducir la carga viral del SARS-CoV-2 en la saliva de pacientes con COVID-19. Materiales y métodos:Veintitrés pacientes ambulatorios positivos para SARS-CoV-2 sintomáticos fueron seleccionados y aleatorizados en dos grupos y registrados en el NTC 04563689. Ambos grupos se enjuagaron y hicieron gárgaras durante un minuto con agua destilada (placebo) o con cloruro decetilpiridinio al 0 ,05 % (CPC). ) más enjuague bucal con Clorhexidina (CHX) al 0,12% (PERIOAID Intensive Care). Se recolectaron muestras de saliva antes del uso de placebo o enjuague bucal y después de 15 minutos y 1 y 2 horas de cualquiera de los tratamientos anteriores. También se tomó una muestra de saliva cinco días después del uso regular de placebo o enjuague bucal dos veces al día. El virus fue detectado por qRT-PCR. Resultados:Se demostró una gran heterogeneidad en los valores de carga viral al inicio del estudio en grupos ambos para muestras de nasofaringe y saliva. La mayoría de los pacientes que usaron el enjuague bucal (8/12) tuvieron una disminución significativa en la carga viral inicial después de 15 minutos (reducción superior al 99 %). Este efecto inhibidor se mantuvo hasta dos horas en 10 de los 12 pacientes. A los cinco días, se detectó ARN del SARS-CoV-2 en solo 1 paciente del grupo de enjuague bucal y en 5 del grupo de placebo. Conclusiones:Este señala que un enjuague bucal CPC puedereducir la carga viral en saliva de pacientes COVID positivos. Este hallazgo puede ser importante en el control de la transmisión del SARS-CoV-2. Sin embargo, la relevancia clínica de la reducción del enjuague bucal con CPC en la excreción de SARS-CoV-2 en la saliva requiere más estudios.

Feeding ecomorphologies in the fish genus Herichthys (Perciformes: Cichlidae) based on stomach content and lower pharyngeal jaw shape

Speciation is a multifactorial process with factors acting at different scales of space and time. Trophic niche segregation has promoted the diversification of cichlids fishes in lentic (lacustrine) environments, whether this is also the case in lotic (riverine) systems remains unknown. Herichthys is the genus of cichlids with the most boreal distribution in the Americas comprising 12 currently recognized species, most micro-endemic and only two with a wide distribution. In the present work, we analyzed the stomach content and lower pharyngeal jaw morphologies of the species of the genus to evaluate the possible role of feeding ecology in the diversification of the group. Trophic strategies varied widely, including omnivores, piscivores, invertivores, molluskivores, detritivores, herbivores and algivores. Low values of Pianka's index of niche overlap were found in the sympatric micro-endemic species, while in the widely distributed species the indices ranged from low to very high. The analysis of lower pharyngeal jaw morphologies allowed discriminating a shape associated with piscivorous species from other foraging groups. The results of this study suggest that trophic niche segregation is a factor that could promotes diversification within the genus Herichthys although additional studies need to be performed to fully understand the speciation process in this group of Neotropical cichlid fishes.

La especiación es un proceso con múltiples factores que actúan a diferentes escalas de espacio y tiempo. La segregación de nichos tróficos es un proceso que ha promovido la diversificación en cíclidos en entornos lacustres, pero en el caso de los ríos no está claro. Herichthys es un género de cíclidos cuya distribución es la más boreal en América, el cual comprende 12 especies actualmente reconocidas, la mayoría microendémicas y solo dos con una amplia distribución. En el presente trabajo, se analizó el contenido estomacal y las morfologías de la mandíbula faríngea inferior de las especies del género para compararlas y evaluar su posible papel en la diversificación del grupo. La dieta en dichas especies es muy variada e incluyó tanto especies que pueden ser consideradas omnívoras como especialistas. Se encontraron valores bajos del índice de solapamiento alimentario (índice de Pianka) en las especies simpátricas microendémicas, mientras que en las especies ampliamente distribuidas el índice fue muy variable. El análisis de morfometría geométrica de la mandíbula faríngea inferior permite discriminar dos formas principales, una que incluye la especie piscívora y otra que incluye a los otros grupos alimentarios. Los resultados encontrados en este estudio sugieren que la segregación de nicho trófico es un factor que promueve claramente la diversificación dentro del género Herichthys, aunque se deben realizar estudios adicionales para comprender completamente el proceso de especiación en este grupo de peces neotropicales.

Effects of biocide exposure on P. Aeruginosa, E. coli and A. Baumannii complex isolates from hospital and household environments / Efectos de la exposición a biocidas en aislados ambientales de P. Aeruginosa, E. coli y del complejo A. Baumannii hospitalarios y de la comunidad

Background: Bacterial responses to biocide exposure and its effects on survival and persistence remain to be studied in greater detail. Aim: To analyse the viability and survival of environmental isolates from household and hospital settings after biocide exposure. Methods: The minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) of chlorhexidine (CHxG), benzalkonium chloride (BAC) and triclosan (TC) were determined in isolates of Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii complex and Escherichia coli collected from hospital and house- holds environments. Viability was monitored after exposure and removal of biocides using agar cultures and flow cytometry. Findings: P. aeruginosa isolates showed greater tolerance for all biocides tested whereas A. baumannii complex and E. coli were less tolerant. When compared with reference strains, biocide tolerance was up to 8 to 13-fold higher for TC and BAC respectively. Flow cytometry showed that biocide exposure may induce viable but non-growing states in P. aeruginosa and E. coli isolates before becoming fully replicative. Changes in the susceptibility profile in one isolate of A. baumannii complex were observed after biocide exposure. Discussion: Bacteria isolates from hospital and households were able to recover after biocide exposure at bactericidal concentrations favouring persistence and spread of biocide-tolerant strains. This study reinforces that cleaning compliance should be monitored by non-culture based tests. Novel formulations in cleaning and disinfection protocols should be revisited in hospitals harbouring P. aeruginosa and A. baumannii multidrug resistant isolates.

Introducción: El efecto de la exposición a biocidas en las poblaciones bacterianas, su viabilidad y persistencia requieren de estudios detallados. Objetivo: analizar la viabilidad y persistencia de bacterias de ambientes hospitalarios y domésticos posterior a la exposición a biocidas. Materiales y Métodos: En un estudio experimental in vitro se determinó la concentración inhibitoria mínima (CIM) y la concentración bactericida (CBM) para chlorhexidina (CHxG), cloruro de benzalconio (BAC) y triclcosan (TC) en aislados de Pseudomonas aeruginosa (10), el complejo Acinetobacter baumannii (5) y Escherichia coli (5) obtenidos de ambientes hospitalarios y domésticos. La viabilidad y susceptibilidad bacteriana después de la exposición y remoción del biocida fue evaluada por citometria de flujo y cultivo. Resultados: Independiente de su procedencia P. aeruginosa presentó mayor tolerancia a todos los biocidas. El complejo A. baumannii y E. coli fueron hasta 8 a 13 veces más tolerantes a BAC y TC que las cepas de referencia. Se observó que la exposición a biocidas altamente efectivos induce formas viables no replicativas en P. aeruginosa y E. coli. Un aislado del complejo A baumannii presentó cambios en el perfil de susceptibilidad posterior a la exposición. Discusión: Aislados tanto de ambiente hospitalario como de la comunidad pueden recuperarse después de la exposición a concentraciones bactericidas de los biocidas favoreciendo la persistencia y diseminación de bacterias no replicativas. Por lo anterior métodos alternativos al cultivo deben utilizarse en el seguimiento de protocolos de limpieza y desinfección. Los tiempos de recuperación de la viabilidad bacteriana deben tenerse en cuenta en la formulación de protocolos para erradicar y/o controlar cepas hospitalarias de P. aeruginosa o A. baumannii multirresistentes.

Validación técnica de una PCR: Reacción en cadena de la polimerasa para la detección de Chlamydia trachomatis / Technical validation of a polymerase chain reaction for Chlamydia trachomatis detection

Resumen Objetivo: Estandarizar una técnica de PCR para la detección de Chlamydia trachomatis. Materiales y método: Estudio experimental en el que se optimizaron las condiciones de PCR para la detección in vitro de C. trachomatis. Se utilizó ADN de C. trachomatis VR885D y los cebadores CtP15'-TAGTAACTGCCACTTCATCA-3'y CtP2 5'- TTCCCCTTGTAATTCGTTGC-3, que amplificaron un segmento de 201 pb del plásmido clamidial. Se realizaron diluciones logarítmicas de ADN clamidial y fueron empleados para determinar la sensibilidad analítica expresada como copias de plásmidos y/o de cuerpos elementales. La especificidad analítica de la prueba se evaluó usando los cebadores CtP1 y CtP2 y ADN de microorganismos colonizadores y/o patógenos urogenitales. La variabilidad intraensayo fue evaluada sobre muestras por triplicado, mientras que la variabilidad interensayo se determinó mediante comparación de los resultados obtenidos por tres técnicos en diferentes días. Resultados: Las condiciones de PCR para la amplificación del gen de interés fueron establecidas (94°C/4 min; 40 ciclos de 94°C/1 min, 56°C/1 min. y 72°C/1.5 min; 72°C/4 min); 1.5 mM MgCl2 y 1 U/pL Taq polimerasa. La sensibilidad analítica de la PCR fue de 10-17 g de ADN, equivalentes a una copia del plásmido o menos de un cuerpo elemental de C. trachomatis. Los cebadores CtP1 y CtP2 amplificaron específicamente el ADN de C. trachomatis bajo las condiciones experimentales evaluadas. La repetitibilidad y reproducibilidad de la PCR se determinó con experimentos de variabilidad intra e interensayo respectivamente. Conclusiones: La estandarización de esta PCR es el primer paso para su utilización en el diagnóstico de infecciones por C. trachomatis. Se requieren estudios adicionales de validación clínica de ésta prueba.

Abstract Objective: To standardize a PCR for Chlamydia trachomatis detection. Materials and methods: An experimental study was designed to standardize a C. trachomatis PCR test. Genomic DNA from C. trachomatis serovar D ATCC VR885D was used for the PCR standardization. An amplicon of 201 bp from clamidial plasmid was obtained using primers CtP15'-TAGTAACTGCCACTTCATCA-3' and CtP2 5'- TTCCCCTTGTAATTCGTT-GC-3'. Serial dilutions of clamidial DNA were used to determine the analytical sensitivity. Analytical specificity was tested using DNA from several urogenital microorganisms. Intra assay variability was assessed on triplicate DNA samples, while inter assay variability was assessed comparing the results by three technicians on different days. Results: Established (94°C/4 min; 40 cycles at 94 °C/1 min, 56°C/1 min and 72°C/1.5 min; 72°C/4 min; 1.5 mM of MgCl2 and 1U/pL of Taq polymerase. The analytical sensitivity was 10-17 g of DNA equivalent to one plasmid or less than one elementary body from C. trachomatis. Primers CtP1 and CtP2 amplified specifically C. trachomatis in the experimental conditions evaluated. Intra and inter assay variability demonstrated the repeatability and reproducibility of the PCR respectively. Conclusions: We standardized the experimental conditions for a C. trachomatis PCR that can be used for diagnostic purposes. Other studies are required for further clinical evaluation of this test.

Genetic variation in the Cytb gene of human cerebral Taenia solium cysticerci recovered from clinically and radiologically heterogeneous patients with neurocysticercosis

Neurocysticercosis (NC) is a clinically and radiologically heterogeneous parasitic disease caused by the establishment of larval Taenia solium in the human central nervous system. Host and/or parasite variations may be related to this observed heterogeneity. Genetic differences between pig and human-derived T. solium cysticerci have been reported previously. In this study, 28 cysticerci were surgically removed from 12 human NC patients, the mitochondrial gene that encodes cytochrome b was amplified from the cysticerci and genetic variations that may be related to NC heterogeneity were characterised. Nine different haplotypes (Ht), which were clustered in four haplogroups (Hg), were identified. Hg 3 and 4 exhibited a tendency to associate with age and gender, respectively. However, no significant associations were found between NC heterogeneity and the different T. solium cysticerci Ht or Hg. Parasite variants obtained from patients with similar NC clinical or radiological features were genetically closer than those found in groups of patients with a different NC profile when using the Mantel test. Overall, this study establishes the presence of genetic differences in the Cytb gene of T. solium isolated from human cysticerci and suggests that parasite variation could contribute to NC heterogeneity. .

Population structure and diversity of the pathogenic fungus Aspergillus fumigatus isolated from different sources and geographic origins

Fifty-five clinical and environmental Aspergillus fumigatus isolates from Mexico, Argentina, France and Peru were analyzed to determine their genetic variability, reproductive system and level of differentiation using amplified fragment length polymorphism markers. The level of genetic variability was assessed by measuring the percentage of polymorphic loci, number of effective alleles, expected heterozygocity and by performing an association index test (I A). The degree of genetic differentiation and variation was determined using analysis of molecular variance at three levels. Using the paired genetic distances, a dendrogram was built to detect the genetic relationship among alleles. Finally, a network of haplotypes was constructed to determine the geographic relationship among them. The results indicate that the clinical isolates have greater genetic variability than the environmental isolates. The I A of the clinical and environmental isolates suggests a recombining population structure. The genetic differentiation among isolates and the dendrogram suggest that the groups of isolates are different. The network of haplotypes demonstrates that the majority of the isolates are grouped according to geographic origin.